Данные секвенирования можно загрузить в CNCB (Китайский национальный центр биоинформации, Национальный центр биоинформации), который является собственной базой данных Китая и напрямую заменяет NCBI. По сравнению с NCBI, многие из его функций малоизвестны многим ученым. Поэтому здесь мы познакомим вас с использованием этих данных!

1. Официальный сайт

https://www.https://ngdc.cncb.ac.cn/gsub/https://ngdc.cncb.ac.cn/gsub/

2. Зарегистрированные пользователи

Нажмите Войти,Войдите в интерфейс регистрации,если ты не можешь найти,Затем перейдите непосредственно по этому URL-адресу.：https://ngdc.cncb.ac.cn/account/register?service=https://ngdc.cncb.ac.cn/gsub/login

Просто заполните его правдиво (обратите внимание: все должно быть заполнено на английском языке, адрес электронной почты должен быть способен получать электронные письма, а на следующем шаге потребуется проверка). После отправки регистрации просто подтвердите ее по электронной почте в течение 24 часов.

3. Войти

После завершения регистрации вернитесь на главную страницу для входа в свою учетную запись. После входа интерфейс выглядит следующим образом:

4. Загрузите данные

Нажмите «Архив последовательностей генома», чтобы войти в интерфейс загрузки данных.

4.1 Создать биопроект

Сначала нажмите «Портал подачи биопроекта», чтобы создать файл биопроекта;

Нажмите, чтобы создать новый биопроект. Здесь вы можете изменить соответствующую информацию. По умолчанию система использует информацию, которую вы зарегистрировали при регистрации. После изменения нажмите «Сохранить» и перейдите к следующему шагу.

После выполнения пяти шагов нажмите «Отправить». Статус после отправки показан на рисунке ниже.

Более конкретные операции см. в руководстве: Вы можете просмотреть руководство по BioProject.

4.2 Создание биообразца (несколько биологических образцов)

Нажмите, чтобы создать новый биообразец (https://ngdc.cncb.ac.cn/gsub/submit/biosample/list), чтобы войти в интерфейс создания биообразца;

Заполняем информацию последовательно согласно подсказкам, но стоит отметить, что в режиме пакетной подачи проб (Batch BioSamples) (рекомендуется) нам необходимо загрузить новую сводную таблицу проб;

Если вы не знаете, как его заполнить, сначала скачайте кейс. Кейс очень понятен и проблем в принципе не будет;

После заполнения нажмите «Отправить».

4.3 Отправка данных GSA (необработанная секвенация РНК)

После заполнения приложений BioProject и BioSample вы можете начать загрузку базы данных GSA. Подготовьте исходные данные, обычно с суффиксом .gz или .bz2. Сначала вернитесь в BIG Sub, снова выберите «Архив последовательностей генома» и войдите в исходный интерфейс загрузки данных. Трехэтапный метод работы резюмируется следующим образом:

Создайте новый GSA:

Следуйте подсказкам и заполняйте содержимое один за другим. На третьем этапе вам необходимо загрузить информацию о файле метаданных. Теперь мы загрузим шаблон заполнения и кейс.

Заполните информацию в Выражении:

Идентификатор в первом столбце должен начинаться с буквы E, например E1, E2, E3.... Для входа в BioProject необходимо ввести номер PRJCAxxxxx, который был передан на первом этапе подачи заявки на Biosample; имя должно быть таким же, как у того, кто подал заявку на биообразец. Имя_образца такое же; остальные заполняются в соответствии с платформой секвенирования или подсказкой.

Введите файл последовательности и информацию о коде MD5 в Run:

Формат данных секвенирования платформы Illumina обычно представляет собой файлы fastq (поддерживаются форматы сжатия gzip и bzip2). Проверка MD5. Как правило, после секвенирования компания предоставляет программное обеспечение MD5, и вы можете самостоятельно импортировать необработанные данные секвенирования и генерировать их автоматически.

После того, как данные подготовлены, их можно загрузить. После загрузки нажмите «Проверить», чтобы проверить успешность загрузки данных:

Если информация, заполненная в каком-либо столбце, неверна, система определит это и выдаст сообщение об ошибке. Мы можем следовать этому запросу, чтобы заполнить информацию в форме.

Далее выбираем метод загрузки. Здесь выбираем FTP для загрузки данных:

① Установите флажок FTP и запишите запрос на загрузку по FTP (рис. 3).

②Установите соединение. Откройте программное обеспечение и введите информацию о хосте как «submit.big.ac.cn». Имя пользователя и пароль соответствуют адресу электронной почты и паролю учетной записи для входа в базу данных GSA. Нажмите «Быстрое подключение», и в строке состояния отобразится успешный вход.

③Введите каталог загрузки. После успешного входа в систему выберите локальный путь, соответствующий данным, которые будут загружены в «Локальный сайт». В «Удаленном сайте» щелкните папку GSA, чтобы войти в каталог GSA (не загружайте файл в корневой каталог, иначе программа фоновой обработки не сможет сканировать загружаемый файл).

Проверьте скорость загрузки, и в каталоге удаленного сайта появятся соответствующие данные, указывающие на успешную передачу данных.

Загрузите данные в каталог GSA. Рекомендуется создать подкаталог для каждого пакета данных для хранения данных.

После успешной загрузки нажмите, чтобы перейти к следующему шагу.

После завершения загрузки вы можете еще раз проверить информацию и отправить ее после подтверждения ее правильности. Пожалуйста, терпеливо ждите проверки! Разве это не очень просто? Каждый может оставить сообщение!