Если рабочий хочет хорошо выполнять свою работу, он должен сначала заточить свои инструменты.

1synapseclient

Synapseclient — это библиотека Python, специально разработанная для взаимодействия с платформой данных Synapse. Он имеет следующие функции

1. Загрузка и скачивание данных：Разрешить пользователям легко загружать и скачиватьданные Собирать Synapse платформа. Это особенно полезно для обработки больших наборов биомедицинских данных.
2. Управление данными：предоставил наборинструментуправлять в Synapse Хранится в данных, включая создание и обновление наборов данных, папок документов и проектов.
3. Поддержка сотрудничества：Поддержка обмена с другими исследователямиданныеи результаты анализа,Поощряйте совместные исследования.
4. Функция запроса：Умение выполнять сложные запросы,Для быстрого поиска и получения определенных наборов данных и результатов анализа.
5. Интеграция рабочих процессов：Легко интегрируется в существующиеданныеанализировать Рабочий процесс, работает с другими инструментами и скриптами биоинформатики.
6. Разрешения и безопасность：Поддержка детального контроля доступа,Обеспечьте безопасность и соответствие данных.

2Synapse

Synapse — это платформа для обмена и анализа данных с открытым исходным кодом, которая в основном используется для совместных научных исследований и позволяет командам обмениваться данными, отслеживать анализ и сотрудничать. Он создан и управляется Sage Bionetworks, некоммерческой исследовательской организацией в области здравоохранения, базирующейся в Сиэтле, штат Вашингтон, основанной в 2009 году для поддержки сложных рабочих процессов анализа данных, одновременно способствуя обмену и повторному использованию данных исследований.

Документация по базе данных: https://help.synapse.org/docs/Getting-Started.2055471150.html.

3Загрузка данных

Synapse предоставляет несколько методов загрузки.

• Загрузка веб-страницы: максимальный размер загрузки одного документа составляет 5G.,Пакетная загрузка до 100 документов одновременно
• Загрузка программирования — Synapse предоставляет Python, R метод загрузки клиента, среди которых Synapse; Python Библиотека может пройтиsynapse Команды, используемые из командной строки
• Если вам необходимо скачать открытые данные, сначала необходимо зарегистрировать аккаунт
• Разные аккаунты имеют разные Разрешения.,Для доступа к данным контролируемого доступа,Должен быть аутентифицированным пользователем или проверенным пользователем.

Разрешения пользователя

Большинству элементов в Synapse присвоен уникальный идентификатор. Этот идентификатор называется Synapse ID или synID. Формат SynID начинается с префикса «syn», за которым следуют 8 цифр (например, syn12345678). К элементам с уникальными синидами в Synapse относятся: файлы, папки, проекты, таблицы, представления, вики, ссылки и репозитории Docker. При программном использовании Synapse вы можете использовать SynID для ссылки на определенный элемент.

4Как установить

Github

• https://github.com/Sage-Bionetworks/synapsePythonClient

Для настройки среды рекомендуется использовать conda, это удобно и быстро.

conda create -n synapseclient python=3.9 
conda activate synapseclient
pip install synapseclient

##Проверьте успешность установки
synapse -h

Установить

5Как использовать

Сначала вам необходимо зарегистрировать аккаунт

При регистрации вам необходимо сначала указать адрес электронной почты, и на ваш адрес электронной почты будет отправлена ​​ссылка на страницу регистрации.

Заполните соответствующую информацию

После завершения регистрации войдите в интерфейс своей учетной записи.

Войдите, используя учетную запись и пароль

## Требуется аккаунт Авторизоваться
вход в Synapse -u имя пользователя -p пароль

Войдите, используя учетную запись и пароль

Подскажите, что метод входа по паролю устарел.

Войти с помощью токена

Создать токен

Token

## Авторизоваться
synapse login -p your-token

вход по токену

Его также можно использовать, если вы просто авторизуетесь, но вам придется вводить токен каждый раз при загрузке. взаимодействие,это очень неудобно,Итак, мы можем настроить его.synapseConfig документ

synapse config

## В этот момент .synapseConfig  документ. Информация о вашем токене будет записана внутри

Загрузите простую демонстрационную версию данных

Пример структуры каталогов данных

Конкретный документ для скачивания

Перед загрузкой вам сначала необходимо найти SynID документа, который вы хотите загрузить, например, демо-данные «syn3260973».

##Если существует несколько версий документа, вы можете указать версию для загрузки.
##Скачиваем третью версию документа
synapse get syn3260973 -v 3 --downloadLocation ~/syna_test/

-v #Указываем версию загрузки
--downloadLocation # Укажите место сохранения загрузки

## размер документа после скачивания
 88M январь  16 17:41 run0574_lane1_read1_index27=H9-EB.fastq.gz
## Но имя документа очень странное, и его потом нужно будет переименовать в документ.

##Рекурсивная загрузка (пакетная)
synapse get -r syn2390898 --downloadLocation ~/syna_test/test

Скачать весь каталог

Ограничения доступа

Если данные имеют Ограничения доступа, то вам необходимо подать заявку на получение Разрешения.

synapse get -r syn26329901  --downloadLocation ~/syna_test/BRI

Советы необходимо применять

Необходимо подать заявку на скачивание

Дополнительные сведения об использовании параметров см. в разделе:

• https://python-docs.synapse.org/tutorials/command_line_client/

Справочные ссылки:

• https://help.synapse.org/docs/Getting-Started.2055471150.html
• https://python-docs.synapse.org/tutorials/command_line_client/
• https://github.com/Sage-Bionetworks/synapsePythonClient