1 написано впереди

горячийсеквенирование одной клетки（scRNA-seq）Все, должно быть, слышали это более или менее,Начиная с сегодняшнего дня, я буду делиться своими учебными конспектами один за другим.,Пожалуйста, поправьте меня, если я найду что-то не так~🤒

Прежде чем мы начнем, давайте подумаем над несколькими вопросами, а именно: 👇

Q1: что такоеscRNA-seq,это связано сbulk RNA-seqКак это сравнить？ Q2: scRNA-seqКаковы типичные приложения?？ Q3: scRNA-seqКак подготовить образцы？

2Что такое scRNA-секвенирование?

2.1 Что такое объемное секвенирование РНК

要搞懂что такоеscRNA-seq,Давайте сначала выяснимbulk RNA-seq。🥳

RNA-seqДля использования в образцах, состоящих из смесей клеток.,называетсяbulk RNA-seq,Обычно используется для исследованийcontrol/diseased、wild-type/mutantмеждутранскриптомразница。

Однако,использоватьbulk RNA-seq,Мы можем только оценить, что каждый Ген находится в группе ячеекизсредний уровень экспрессии☹️,не рассматривается в этом образцеодинокийклетка Ген表达изнеоднородность。

Дайте мне каштан🌰,Первые дниразработкаисследование илимозги т. д. сложныйорганизовать。

2.2 Появление scRNA-seq

чтобы решитьнеоднородностьиз问题,2009Годпервый报道了单клетка水平изRNA-seq,Прямо сейчасscRNA-seq,

иbulk RNA-seq不同изда,использоватьscRNA-seqмогу оценить каждуюГенсуществовать不同в группе ячеекиз表达水平分布。🤩

успешно решеноКлеточные изменения транскриптомаиз问题。можно найтиновый или редкийтип ячейки,идентифицироватьcontrol/diseasedорганизоватьмеждуразницаклетка组成或了解разработка过程中издифференцировка клеток。

2.3 карта scRNA-seq

目前有很多изscRNA-seqАтлас,全面解析了不同物种中изтип ячейки。Дайте несколько каштанов🌰,следующее:

• Human Cell Atlas (H. sapiens)
• Tabula Muris (M. musculus)
• Fly Cell Atlas (D. melanogaster)
• Cell Atlas of Worm (C. elegans)
• Arabidopsis Root Atlas (A. thaliana)

С развитием технологий,scRNA-seqМетоды появляются бесконечно,спервый报道后из技术发展,Мы можем видеть это по мере развития технологий.,scRNA-seq可以检测到更多изклетка。

Но это нужно объяснить,不同из技术У каждого свойПреимущества и недостатки,Все еще старый вид,Новые технологии не обязательно являются лучшими,Просто выберите то, что вам подходит. 🧐

Подготовка проб для 3scRNA-seq

3.1 Классический протокол

Вообще говоря,经典изscRNA-seqизprotocolЕго можно разделить на следующие этапы：

• оторганизоватьиклетка培养中制备клеточная суспензия。
• клетка筛选（на основеповерхностный маркер、Технология перевода、Крашение и т. д.）。（Дополнительные шаги😊）
• захватыватьодинокийклетка（нравитьсяwells,oil droplets)。
• откаждая клеткаизвлечено изRNA。
• ВоляRNAобратная транскрипция какcDNA。
• усиливатьcDNA（in vitroРасшифруйте или PCR）。
• Подготовьте библиотеки секвенирования,adapters。
• Секвенирование.
• иметь дело сraw data以获得клетка Генизматрица подсчета。
• Выполните последующий анализ.

3.2 Что делать, если подготовить образцы сложно?

существовать难以分离клеткаизорганизовать中或существовать冷冻организоватьв образце,Может быть трудно достичьПодготовка одиночных клеток,Мы можем выбрать подготовкуодинокийклеткаядерный样本。

Note! Но вам нужно обратить внимание,ядерныйRNA通常含有较高比例из未加工unprocessed RNA,,будет секвенирован, чтобы содержать большое количествоintronsиз转录本。😲

Конкретные решения мы представим позже. 😘

3.3 Сравнение часто используемых протоколов

这里我们比较一下目前常用изprotocol,Сюда не входитSmart-seq3иSmart-seq3xpress,Позже мы представим эти два метода отдельно.

захват 4 ячеек

目前应用最广泛из三种方法为microtitre-plate, microfluidic-array и microfluidic-droplet。

У каждого свойПреимущества и недостатки,Вот лишь краткое введение,感兴趣из小伙伴可以去Google一下具体разница。

1️⃣ Microtitre-plate

• преимуществода建库之前可以对клетка进行观察,идентифицировать并丢弃поврежденные клеткиждать。
• недостатокданизкая пропускная способность。

2️⃣ Microfluidic-array

• преимуществода通量比Microtitre-plateВысокая пропускная способность,Экономьте реагенты😂.
• недостатокда不适合редкие клеткиизиметь дело с。
• Здесь я хотел бы напомнить всем обратить внимание наarraysизnanowellsБольшие или маленькие проблемы。

3️⃣ Microfluidic-droplet

• преимуществода高通量,бюджетный. 💰
• недостаток当然也да低成本带来из啦😂,в целомcoverageотносительно низкие,Часто глубины обнаружения недостаточно.,transcriptsотносительно мало。

Tips! нравиться果用FACS分离клеткаиз话,Можно покраситьlive/dead, Избегайте использования некоторых клеток с низкой жизнеспособностью, которые могут повлиять на результаты. 😘

Наконец, я желаю вам всем скорейшего выздоровления!~