1 написано впереди

горячийсеквенирование одной клетки（scRNA-seq）Все, должно быть, слышали это более или менее,Начиная с сегодняшнего дня, я буду делиться своими учебными конспектами один за другим.,Пожалуйста, поправьте меня, если я найду что-то не так~🤒

Прежде чем мы начнем, давайте подумаем над несколькими вопросами, а именно: 👇

Q1: что такоеscRNA-seq,это связано сbulk RNA-seqКак это сравнить？ Q2: scRNA-seqКаковы типичные приложения?？ Q3: scRNA-seqКак подготовить образцы？

2Что такое scRNA-секвенирование?

2.1 Что такое объемное секвенирование РНК

Чтобы понятьчто такоеscRNA-seq,Давайте сначала выяснимbulk RNA-seq。🥳

RNA-seqДля использования в образцах, состоящих из смесей клеток.,называетсяbulk RNA-seq,Обычно используется для исследованийcontrol/diseased、wild-type/mutantмеждутранскриптомразница。

Однако,использоватьbulk RNA-seq,Мы можем только оценить, что каждый Ген находится в группе ячеекизсредний уровень экспрессии☹️,не рассматривается в этом образцеодинокийклетка Ген Выражатьизнеоднородность。

Дайте мне каштан🌰,Первые дниразработкаисследование илимозги т. д. сложныйорганизовать。

2.2 Появление scRNA-seq

чтобы решитьнеоднородностьизвопрос,2009ГодпервыйСообщил об одномклеткауровеньизRNA-seq,Прямо сейчасscRNA-seq,

иbulk RNA-seqдругойизда,использоватьscRNA-seqмогу оценить каждуюГенсуществоватьдругойв группе ячеекиз Выражатьуровень分布。🤩

успешно решеноКлеточные изменения транскриптомаизвопрос。можно найтиновый или редкийтип ячейки,идентифицироватьcontrol/diseasedорганизоватьмеждуразницаклеткасформировать или понятьразработкав процессеиздифференцировка клеток。

2.3 карта scRNA-seq

В настоящее время существует множествоизscRNA-seqАтлас,全面解析了другой物种中изтип ячейки。Дайте несколько каштанов🌰,следующее:

• Human Cell Atlas (H. sapiens)
• Tabula Muris (M. musculus)
• Fly Cell Atlas (D. melanogaster)
• Cell Atlas of Worm (C. elegans)
• Arabidopsis Root Atlas (A. thaliana)

С развитием технологий,scRNA-seqМетоды появляются бесконечно,спервыйПосле отчетаизтехнологическое развитие,Мы можем видеть это по мере развития технологий.,scRNA-seqМожет обнаружить большеизклетка。

Но это нужно объяснить,другойизтехнология У каждого свойПреимущества и недостатки,Все еще старый вид,Новые технологии не обязательно являются лучшими,Просто выберите то, что вам подходит. 🧐

Подготовка проб для 3scRNA-seq

3.1 Классический протокол

Вообще говоря,классическийизscRNA-seqизprotocolЕго можно разделить на следующие этапы：

• оторганизоватьиклетка Подготовка в культуреклеточная суспензия。
• клеткафильтр（на основеповерхностный маркер、Технология перевода、Крашение и т. д.）。（Дополнительные шаги😊）
• захватыватьодинокийклетка（нравитьсяwells,oil droplets)。
• откаждая клеткаизвлечено изRNA。
• ВоляRNAобратная транскрипция какcDNA。
• усиливатьcDNA（in vitroРасшифруйте или PCR）。
• Подготовьте библиотеки секвенирования,adapters。
• Секвенирование.
• иметь дело сraw dataчтобы получитьклетка Генизматрица подсчета。
• Выполните последующий анализ.

3.2 Что делать, если подготовить образцы сложно?

существоватьтрудно разделитьклеткаизорганизоватьсредний илисуществоватьзамораживаниеорганизоватьв образце,Может быть трудно достичьПодготовка одиночных клеток,Мы можем выбрать подготовкуодинокийклеткаядерныйобразец。

Note! Но вам нужно обратить внимание,ядерныйRNAобычно содержат более высокую долюизсыройunprocessed RNA,,будет секвенирован, чтобы содержать большое количествоintronsизстенограмма。😲

Конкретные решения мы представим позже. 😘

3.3 Сравнение часто используемых протоколов

Здесь мы сравниваем часто используемыеизprotocol,Сюда не входитSmart-seq3иSmart-seq3xpress,Позже мы представим эти два метода отдельно.

захват 4 ячеек

В настоящее время наиболее широко используетсяиз Три методаmicrotitre-plate, microfluidic-array и microfluidic-droplet。

У каждого свойПреимущества и недостатки,Вот лишь краткое введение,заинтересованныйиз Друзья могут пойтиGoogleИкшита Гутайразница。

1️⃣ Microtitre-plate

• преимуществода Прежде чем создавать базу данных, вы можетеклеткаделать наблюдения,идентифицироватьи отброситьповрежденные клеткиждать。
• недостатокданизкая пропускная способность。

2️⃣ Microfluidic-array

• преимуществодакоэффициент потокаMicrotitre-plateВысокая пропускная способность,Экономьте реагенты😂.
• недостатокда Не подходитредкие клеткиизиметь дело с。
• Здесь я хотел бы напомнить всем обратить внимание наarraysизnanowellsБольшие или маленькие проблемы。

3️⃣ Microfluidic-droplet

• преимуществодавысокая пропускная способность,бюджетный. 💰
• недостатокКонечноданизкая стоимость приноситиз Ла😂,в целомcoverageотносительно низкие,Часто глубины обнаружения недостаточно.,transcriptsотносительно мало。

Tips! нравиться ФруктовыйFACSразделениеклеткаизразговаривать,Можно покраситьlive/dead, Избегайте использования некоторых клеток с низкой жизнеспособностью, которые могут повлиять на результаты. 😘

Наконец, я желаю вам всем скорейшего выздоровления!~