1. Тест на кукурузу, перекрестный тест

Можно считать, что перекрестный тест на стороне кукурузы представляет собой тест NCII. В реальной селекции кукурузы он широко используется благодаря своим характеристикам сочетания тестирования и использования.

Схема эксперимента следующая:

• Магистраль: 4
• Серии для тестирования: 7
• Повторить: 2 раза
• Наблюдение: урожайность

«Цель расчета:»

• 1 Рассчитайте общую комбинационную способность испытуемого штамма (выберите оптимальный штамм)
• 2 Рассчитать специальную комбинационную способность испытуемой системы и опорной системы (выбрать оптимальную комбинацию)
• 3 Понять генетические свойства материалов

2. Объяснение концепции

«Координация:»гибридизацияразведение Залог успеха – правильный подбор родителей.,Потому что как работают гибриды?,Зависит не только от агрономических особенностей самой инбредной линии.,И это зависит от отношений между родителями,Эта взаимосвязь становится синергетической силой.

«Общая комбинационная способность (ОПК)»Если определенный штамм связан со многими разновидностями、инбридинггибридизация,Средняя урожайность F1 становится общей комбинационной способностью (ОПК) сорта.

«Специальные координационные способности (SCA)»Разница между фенотипом конкретной комбинации и общей комбинационной способностью называется специальной комбинационной способностью штамма.（SCA）,Это отражает особые отношения между двумя родителями.

«Роль объединения сил»разведениев процессе,Инбредные линии с высокой общей комбинационной способностью могут быть отобраны для формирования реинкарнационной группы.,накапливать аддитивные гены,Улучшите общую комбинирующую способность. Отбирать родителей с высокой специальной комбинационной способностью для формирования гибридных комбинаций.,за счет взаимодействия нескольких генетических локусов,Получите более высокий эффект гибридной энергии.

❝Лю Цзилинь «Селекция кукурузы», второе издание, China Agricultural Press P94 ❞

3. Процесс расчета

• 1 читатьданные
• 2 Просмотр структуры данных,Преобразовать в фактор
• 3 Модель сборки
• 4. Извлечение результатов объединения сил

# читатьданные
dat = read.csv("NCII_dat.csv")
str(dat)

# Преобразовать в фактор
for(i in 1:5) dat[,i] = as.factor(as.character(dat[,i]))
str(dat)

# Модель сборки
library(sommer)
mod = mmer(yield ~ Block, random = ~ P1 + P2 + Fam, data=dat)
summary(mod)

# Извлечение результатов объединения сил
gca1 = mod$U$P1
head(gca1)

gca2 = mod$U$P2
gca2

sca = mod$U$Fam
sca

4. Расчет остальных параметров

«Значение объединения способностей:»Объединение силового эффекта,значение эффекта (Эффект),Если значимость оценивается,Сначала посмотрите, достигли ли GCA и SCA значимости в дисперсионном анализе.,Затем рассчитывали значимость GCA для каждой инбредной линии. е

Поскольку GCA — это значение эффекта, сумма которого равна 0, если вы оцениваете, является ли GCA каждого сорта значимым, его фактически сравнивают с 0. Фактически, можно вычислить T-тест LSD0,05 и LSD0,01. сравнивается значение GCA, чтобы определить уровень его значимости.

«Наследственность в узком смысле и наследственность в широком смысле».

Различные коэффициенты инбридинга,Метод расчета другой.,заинтересованный учитель,Вы можете обратиться к блогу, который я написал ранее：Как использовать НК II Оценка генетического дизайна, сочетающая способности и наследственность?

5. Введение данных

«Фенотипические данные:»

6. Каковы результаты?

вышеP11,P12,P13,P14Для магистральных отношений（Тип теста）,Вы можете видеть, что P12 равен 1,15.,Самый высокий,иллюстрироватьP12и все системы, подлежащие тестированиюгибридизациясреднее число потомков Самый высокий,И это на 1,15 выше общего среднего показателя.

Обратите внимание, что общие объединяющие силы здесь — это все значения эффекта относительно общего среднего значения. Их общая сумма равна 0. Если она положительна, это означает, что она выше общего среднего значения, а если она отрицательная, это означает, что она выше общего среднего значения. ниже, чем в целом в среднем.

P20~29 — это тестируемые серии. Видно, что P211 имеет общую комбинационную способность 2,08, что является лучшим показателем.

Обратите внимание, что общая способность к комбинированию специфична для самой инбредной линии. В этом эксперименте ее значение в основном имеет значение.

Вышеупомянутое является результатом особой способности к объединению Fam1_5, которая показала лучшие результаты. Его родители: P1 и P5, что показывает, что особая способность к объединению между ними является самой высокой.

Примечание: Особая способность к объединению — это соотношение между ними. Вы не можете сказать, какова особая способность к объединению определенной инбредной линии, но вы должны говорить о том, насколько высока особая способность к объединению между двумя инбредными линиями. Это также основано на конкретных экспериментах, используемых для фильтрации рейтингов.

7. Загрузите образец данных и кода.

Следите за публичным аккаунтом:разведениеанализ данные: Отпусти себя

Ключевые слова ответа：「NC」Скачать связанныеданныеи код。

разведение | Как рассчитать объединяющие силы, используя язык R

ЧАСТО ЗАДАВАЕМЫЕ ВОПРОСЫ:

1. И gca, и sca равны 0. В чем причина?

Ответ: Это потому, что между родителями нет существенной разницы. Предпосылка комбинированного анализа способностей заключается в том, что в дисперсионном анализе между родителями существует значительная разница. В противном случае gca и sca не имеют смысла.

2. В чем причина неудачной итерации модели?

Ответ: Тесты NCII требуют повторных данных, иначе gca и sca не могут быть рассчитаны.

3. В чем разница между дисперсионным анализом и смешанной линейной моделью LMM?

Ответ: Результаты модели LMM более надежны и позволяют напрямую рассчитывать компоненты дисперсии, наследственность в широком смысле и наследственность в узком смысле. При отсутствии значений рекомендуется использовать модель LMM. Связанные пакеты включают: lme4, sommer, asreml и т. д.

4. Почему комбинационная способность бывает положительной и отрицательной?

Ответ: Сумма объединяющих сил равна 0, поэтому существуют положительные и отрицательные значения. Положительное означает выше среднего, отрицательное означает ниже среднего, а 0 означает среднее. Поэтому, если вы выберете тот, у которого высокая комбинационная способность, просто выберите самый большой.