#codna create -n wes #Сначала создайте небольшую среду. Если она уже создана, вы можете ее игнорировать. 
conda activate wes 
conda install -y sambamba

wget -c https://github.com/biod/sambamba/releases/download/v1.0.1/sambamba-1.0.1-linux-amd64-static.gz
##Извлечь в указанную папку
gunzip  -c sambamba-1.0.1-linux-amd64-static.gz > ~/software/bin/sambamba-1.0.1
##Добавляем права на исполняемый файл к файлу
chmod +x sambamba-1.0.1

## Проверьте, прошла ли установка успешно
./sambamba-1.0.1 --help

sambamba markdup -t 4 --tmpdir ~/test d0.bam  ~/test/d0_mkdup.bam

##Остальные параметры
-r: #Удаляйте повторяющиеся чтения, а не просто отмечайте их. [Удалить операции чтения, идентифицированные как дубликаты, непосредственно из данных]
-t: #Устанавливаем количество используемых нитей
-l: #Укажите результаты Документальный уровень фильмсжатия, варьирующийся от от 0 (без сжатия) до 9（максимумсжатие）
-p: #Вывод стандартной ошибки (STDERR) Отображается индикатор выполнения. Это помогает отслеживать ход длительных операций.
--tmpdir=TMPDIR: #Укажите временный Документальный каталог хранения фильмов
--sort-buffer-size=SORT_BUFFER_SIZE: #Установите общий объем памяти, используемый для процесса сортировки, по умолчанию — 2048M, увеличение которого уменьшит количество создаваемых временных файлов и время, затрачиваемое на основную работу;
--io-buffer-size=BUFFER_SIZE: #Чтение и запись во втором проходе BAM при использовании двух BUFFER_SIZE буфер (по умолчанию — 128 МБ). Это повлияет на эффективность и скорость чтения и записи данных.

sambamba sort -t 4 d0.bam --tmpdir ~/test 

## остальные параметры
-m: Указывает общий лимит памяти для всех, по умолчанию — 2 ГБ. Этот параметр можно контролировать `sambamba sort` Объем памяти, используемый во время процесса сортировки, чтобы избежать исчерпания системных ресурсов.
--tmpdir=TMPDIR: Укажите временный Документальный каталог хранения фильмы по умолчанию — системный каталог временных документов;
-o: Укажите имя выходного файла (вы можете напрямую определить выходной документальный файл). имя_фильма); если не указано, результат записывается в файл. `.sorted.bam` расширение файла
-n: Читать по имени, а не по координатам. Сортировать (лексикографический порядок). Такая сортировка может быть более полезна для некоторых конкретных анализов, особенно когда информация в прочитанном имени важна для последующей обработки.
--sort-picard: картина Picard Нажмите ту же кнопку, что и инструмент query name сортировать. Это гарантирует, что использование Picard совместимость инструмента
-N: Нажмите прочитать name Вместо координат осуществляют так называемую «естественную» сортировку (например, samtools серединаизсортировать）。этоти `-n` Похоже, но метод сортировки ближе к человеческой интуиции в понимании комбинаций цифр и символов. (Использовать не рекомендуется, поскольку этот метод может быть несовместим с процессом GATK, см.: https://cloud.tencent.com/developer/article/2009777)
-M, --match-mates: существовать Нажмите прочитать При сортировке по имени парные чтения одного и того же выравнивания объединяются. Обычно используется, когда требуется анализ и обработка парных чтений.
-l: После установки сортировать BAM Документальный уровень фильмасжатие,от 0 (без сжатия) до9（максимумсжатие）
-u: Волясортироватьназадиз BAM не выводит сжатие (по умолчанию записывается уровень сжатия 1), что в некоторых случаях может быть быстрее, но будет использовать больше дискового пространства.
-p: существовать STDERR Показать индикатор выполнения в
-t, --nthreads=NTHREADS: Используйте указанное количество нить
-F: Только оставайтесь довольными FILTER Состояние прочитано. существоватьсортировать процесс середина для фильтрации чтения,Только держиверноназад Постоянный анализ полезенизданные

sambamba index -t 4  d0.bam 

##Остальные параметры
-t: #Устанавливаем количество используемых нитей
-l: #Укажите результаты Документальный уровень фильмсжатия, варьирующийся от от 0 (без сжатия) до 9（максимумсжатие）
-p: #Вывод стандартной ошибки (STDERR) Отображается индикатор выполнения. Это помогает отслеживать ход длительных операций.
-c: #Проверьте, правильно ли установлены контейнеры (структура, в которой хранится информация о местоположении данных); это проверка целостности, обеспечивающая точность и достоверность индекса.
-F, --fasta-input: #Указываем входной файл как FASTA Формат. По умолчанию `самбаба index` Входные данные BAM документ. Если вам нужен ФАСТА Создание файла Индекс сборки (например, последовательности геномной ссылки), вам необходимо использовать эту опцию

## Просмотр bam-файла, головы не отображаются информация
sambamba view d0.bam|less -SN
## Просмотрите файл bam и отобразите головы информация
sambamba view  -h d0.bam|less -SN
## Вывод только заголовковинформация
sambamba view  -H  d0.bam >head_info.txt
## Рассчитать качество отображения (отображение качество) не менее 50 прочтений
sambamba view -c -F "mapping_quality >= 50" d0.bam
## статистикасуществоватьссылка Первая хромосома генома из100приезжать200 региона,Все правильно подобрано и с перекрытиемизreadизколичество
sambamba view -c -F  "proper_pair" d0.bam chr1:100-200


-F: #Выполните пользовательскую фильтрацию результатов сравнения. Вы можете указать различные условия фильтрации в соответствии с вашими потребностями, например, конкретное качество выравнивания, теги и другие характеристики.   
-f: #Указываем формат вывода, по умолчанию СЭМ. Вы также можете выбрать BAM、JSON илиразвязатьсжатиеиз BAM（unpack）
-h: #существоватьreadsраспечатать передголоваинформация（для BAM Вывод всегда делает это). Это отлично подходит для хранения Документального Информация о контексте фильма полезна
-H: #только Воляголоваинформациявыходприезжатьстандартныйвыход（нравитьсяфрукты Форматдля BAM,ноголоваинформацияк SAM формат вывода). Это отлично подходит для получения Документального фильм Юаньданные Очень полезно
-I: #к JSON Форматвыходссылкапоследовательностьизимяидлинаприезжатьстандартныйвыход。этот Помогает быстро найти информацию оссылкапоследовательностьизинформация
-L: #выходи BED В некоторых областях файла операции чтения перекрываются. Это для концентрации очень полезны специфические области гена или целевые последовательности.
-c : #Выводим количество совпадающих записей в стандартный вывод (игнорируется параметр hHI). Это может быстро предоставить отфильтрованные номера выравнивания.
-v: #Выводить только допустимые сравнения. Если вам необходимо выполнить проверку целостности при сравнении, вы можете использовать эту опцию. Это позволит более тщательно проверять достоверность данных и гарантировать соответствие всех согласований ожидаемым стандартам качества и формата.
-S: #Указываем формат ввода как SAM
-T: #Укажите файл ссылки, который будет использоваться при записи (по умолчанию нулевой). Это гарантирует, что выравнивание правильно соответствует последовательности ссылок.
-p : #существовать STDERR Показать индикатор выполнения в (только если регион не указан и документ есть BAM действительный). Это помогает отслеживать ход длительных операций.
-l : #Укажите уровень сжатия (от 0 до 9, только для BAM вывод действительный)
-o : #Укажите имя выходного файла, вы можете напрямую определить выходной документальный файл. локация и название фильма
-t : #Устанавливаем максимальное количество используемых нитей. Рекомендуется, чтобы 4 нит было достаточно
-s: #Sample читает (читает пары). Это способ уменьшить объем данных для быстрого анализа или тестирования.
--subsampling-seed=SEED : #Установите начальное значение выборки. Это обеспечивает повторяемость отбора проб.

##Объединить 2 бам
sambamba merge -t 4 out_merge.bam d0.sorted.bam chr3_200k-300k.sorted.bam 

-t: #Устанавливаем количество используемых нитей
-l: #Укажите результаты Документальный уровень фильмсжатия, варьирующийся от от 0 (без сжатия) до 9（максимумсжатие）
-p: #Вывод стандартной ошибки (STDERR) Отображается индикатор выполнения. Это помогает отслеживать ход длительных операций.
-H: #Объединённые head информациякSAMФорматвыходприезжатьстандартныйвыход（stdout）,Остальные параметры игнорируются, в основном используются для отладки;,Пользователи могутк Проверятьи验证合иназадизголоваинформация,обеспечить все необходимоеизинформация都被正确地合и  
-F, --filter=FILTER: #Только оставайтесь довольными FILTER состояниеизread；существовать合ипроцесссерединаверноreadруководитьфильтр,Только держиверноназад Постоянный анализ полезенизданные

## Извлеките d0.sorted.bam середина chr3 из 200k приезжать 300k внутри зоныизвсеreads
sambamba slice -o chr3_200k-300k.bam d0.sorted.bam chr3:200000-300000

-o: #обозначениевыходиз BAM или FASTA документимя。нравитьсяфрукты Нетобозначение,выходпо умолчаниюдаприезжатьстандартныйвыход（STDOUT）
-L, --regions=FILENAME: #Только вывод и BED документсерединаиз Некоторые области пересекаютсяизчитать。BED документда Что-то вроде Обычно используетсяиз Формат,Используется для указания серииизгеномный регион。Долженпараметр Разрешить пользователям на основе сложныхизобластьсписокруководитьдействовать,Вместо того, чтобы вручную указывать каждый регион
-F, --fasta-input: #Отображать указанный входной файл как FASTA Формат

 sambamba flagstat -b d0.bam > d0_stat.csv

-l: #Укажите результаты Документальный уровень фильмсжатия, варьирующийся от от 0 (без сжатия) до 9（максимумсжатие）
-p: #Вывод стандартной ошибки (STDERR) Показать индикатор выполнения в
-b: #к CSV Форматвыход结фрукты

## Случайным образом выберите около 10% прочитанных Создать новый BAM документ
sambamba-1.0.1 subsample --type=fasthash --max-cov=10  -o subsampled.bam d0.bam 

--type [fasthash]: #Выберите алгоритм, используемый для выборки из. `фастхэш` давариант,Он обеспечивает быстроеиз Метод выборки；По умолчанию,не используйте определенныеизалгоритм
--max-cov [depth]: #Требуется настройкаизмаксимум Глубина покрытия（approx）。этотиндивидуальныйпараметрпозволяет вам контролироватьвыходобразециз Глубина покрытия,кудобныйсуществоватьдержать достаточноданныеизуменьшить заодноданныеколичество
-o: #настраиватьвыходдокументимя；По умолчанию,выходдаприезжатьстандартныйвыход（STDOUT）
-r: #отвыходсередина Удалить передискретизациюизread；Удалением тех, которые превышают заданную глубинуизread,Можетк帮助确保抽样结фрукты更接近所需из Покрытие