клеточные маркеры(Cellmarker
)можно использовать для определения、Разница в другомклетка。вместе ссеквенирование одной клетки(scRNA-seq
)Популярность(В основномДешевыйПонятно📉),Появляется все больше и больше подобных исследований. 🥳
в ходе выполненияаннотация ячейкикогда,Мы также представили,на самом делесамый точныйМетод заключается в том, чтобы не использовать то, чтоСумка,Вместо этого используйтеРучная аннотация。😘
В этом выпуске мы познакомим вас с этим известнымЭкспериментальная поддержкаизлюди
илимышь
разные в каждом органетип ячейки
измаркер
база данных,CellMarker 2.0
。👀
🌟 этотбаза данныхВпервые опубликовано в2019 год,меньше, чем4 годаПросто обновите Понятновторое издание,Эффективность очевидна,И на этот раз еще добавил ПонятномощныйизВеб-инструментыФункция。🤩(пожалуйстаСлайд влево или вправоПроверять:👇)
Картинка для подведения итоговCellMarker 2.0
база данныхОбзор:👇
Это обновлениеизОсновные моментыследующее:👇
36300
индивидуальныйtissue-cell type-marker
вход、474
индивидуальныйорганизовать、1901
индивидуальныйтип ячейкии4566
индивидуальныйmarker
;48
добрыйТехнология секвенирования
Классификацияизклеткаmarker
,Сумкавключать10×Chromium
、Smart-seq2
иDrop-seq
ждать;29
добрыйклеткаMarker
,Сумкавключатьгены, кодирующие белки
,lncRNA
иprocessed pseudogene
ждать;6
индивидуальныйВеб-инструменты,используется дляscRNA-seq
данныеизанализироватьиВизуализация。1️⃣ Как только все зайдут на сайтиз Просто скажи этодаэтотстраницаПонятно👇,Вы можете нажатьорганизовать器官руководитьMarker
Находить,На этот раз мы используемbone
Например。🦴
2️⃣ Нажмите соответствующийизорганизовать器官图标Сразу会出来Сумка Содержитизтип ячейкиЛа,кEndothelial cell
Например。🤒
3️⃣ здеськоблако словизспособ показатьEndothelial cell
изобщийMarker
из,Каждый можетк НажмитеExcelили ВОЗcsvскачатьдокумент,Для местного использования. 😉
4️⃣ И простода НекоторыйИсточник результатов,Каждый можетк НажмитеDETAIL
руководить Проверять。
1️⃣ Допустим, мы хотим взглянуть наCD31
существоватьдругой器官организоватьсерединаиздругойклеткаиз Состояние,Можетксуществоватьздесьруководитьпоиск🔍:👇
2️⃣ Если вы продолжите читать ниже, там будет больше подробностей.изResults
,Также можно использовать скачать,поддерживатьбуфер обмена、Excel、csvиPDF。😗
1️⃣ другойиндивидуальный Находить Функция СразудаQuick search
Понятно,МожетквходитьCell name
, Cell marker
, Tissue type
или ВОЗTissue class
。😚
2️⃣ Предположим, мы проходимscRNA-seq
Обнаружить Понятносуществовать某индивидуальныйклеткаизхарактерный гендаPROM1
,здесья们Сразу МожетквходитьPROM1
руководить Находить。🔍
3️⃣ 提交后СразудаспецифическийизинформацияЛа,по требованиюскачатьБар。🤩
4️⃣ Давайте просто нажмем на один,ВзглянитеDETAIL
。👀
有специфическийизGene Symbol
, Gene ID
, Gene Name
, Gene Type
ждатьждать。🥰
яиндивидуальныйлюди Сравниватьсосредоточиться наиздаMarker Source
,этотиДовериеСразу Сравнивать Связанный Ла。😊
5️⃣ здесьбаза данныхТакже доступен ПонятнооригинальныйСвязь🔗,Каждый можетк通过НажмитеPMIDПерейти к исходному тексту。🥳
индивидуальныйлюди Привычка,скачатьВсе данные,организован в.rds
документ,Удобно вR
используется в。🥰
🌟 Как цитировать:👇
Hu C, Li T, Xu Y, et al. CellMarker 2.0: an updated database of manually curated cell markers in human/mouse and web tools based on scRNA-seq data [published online ahead of print, 2022 Oct 27]. Nucleic Acids Res. 2022;gkac947. doi:10.1093/nar/gkac947
Наконец, я желаю вам всем скорейшего выздоровления!~